Centralnym Ośrodkiem Dokumentacji Geodezyjnej i Kartograficznej kieruje Dyrektor powoływany i odwoływany przez Głównego Geodetę Kraju.


Dyrektor wykonuje swoje obowiązki przy pomocy Zastępcy Dyrektora do spraw zasobu, Głównego Księgowego oraz kierowników Komórek organizacyjnych CODGiK. Dyrektor może tworzyć Komórki organizacyjne CODGiK, w szczególności w formie działów, wydziałów, sekcji i samodzielnych stanowisk oraz filie. Organizację i tryb pracy CODGiK oraz zadania Komórek organizacyjnych CODGiK określa regulamin organizacyjny wprowadzony ZARZĄDZENIEM NR 1 DYREKTORA CENTRALNEGO OŚRODKA DOKUMENTACJI GEODEZYJNEJ I KARTOGRAFICZNEJ z dnia 28 grudnia 2010 r. w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego instytucji gospodarki budżetowej pod nazwą Centralny Ośrodek Dokumentacji Geodezyjnej i Kartograficznej
Dyrektor CODGiK jest pracodawcą w rozumieniu prawa pracy w stosunku do  pracowników zatrudnionych w CODGiK.


Zasady wynagradzania pracowników CODGiK reguluje ZARZĄDZENIE NR 3 DYREKTORA CENTRALNEGO OŚRODKA DOKUMENTACJI GEODEZYJNEJ I KARTOGRAFICZNEJ  dnia 28 grudnia 2010 r. w sprawie wprowadzenia Regulaminu wynagradzania pracowników Centralnego Ośrodka Dokumentacji Geodezyjnej i Kartograficznej.